3  R & RStudio

Cíle cvičení
  • Naučit se založit projekt
  • Rozeznat Základní soubory projektu a prostředí
  • Projekt či součást projektu uložit a otevřít
  • Orientovat se v hlavním okně
  • Přepínat mezi výpočtem v konzoli a skriptu

R je volně dostupné programové prostředí pro statistické výpořty a grafiku. Interpretr jazyka se základní funkcionalitou lze stáhnout ze stránek https://www.r-project.org.

RStudio (dnes také společnost Posit Inc.) je integrované vývojové prostředí (IDE), specializované pro práci s jazykem R. Obsahuje řadu užitečných nástrojů usnadňujících organizaci, tvorbu reportů, práci s SQL databázemi, vývojem funkčních balíčků a mnoho dalšího.

3.1 Hlavní okna a panely

Obrázek 3.1: Obr. 1: Základní layout prostředí RStudio.

V základním zobrazení Obrázek 3.1 bychom měli v levé části vidět panel Console. S konzolí nebudeme pracovat příliš intenzivně, slouží zejména k zadávání jednoduchých příkazů, například vyhodnocení proměnné. Pravou část vidíme rozdělenu na dolní a horní polovinu. V té horní jsou důležité panely Environment kde se nachází všechny objekty a vlastní funkce, které jsme vytvořili v rámci session. Dále Výchozí rozvržení je možné měnit Tools > Global options… > Pane layout.

Úloha
  1. Provedeme jedno užitečné nastavení duhových závorek

Obr. 2: Nastavení duhových závorek a dalších vlastností v okně Global Options…

3.2 Zakládáme projekt

Je vhodné seskupovat svoji práci do zv. projektů - ucelených souborů skriptů, dat a výstupů - podle jednotlivých projektů, kterým se věnuji.

  1. Při spuštěném programu z hlavní nabídky vybereme File > New Project…

    Obr. 2 - Volba typu založení projektu

  2. Vybereme New Directory a zvolíme New Project. Ostatní možnosti v tomto kurzu využívate nebudeme.

    Obr. 3 - Volba typu projektu

  3. Projektu je dále nutné zadat název Directory name. Pokud používate verzovací systém Git, můžete zaškrtnout volbu Create a git repository. V tomto kurzu používat nebudeme.

    Obr. 3 - Volba umístění a názvu projektu

  4. Po úspěšném založení projektu by se mělo zobrazit hlavní okno programu s přednastvenými panely. V nastavení učeben ČZU odpovídá rozvržení 1. obrázku.

Úloha
  1. Vytvořte projekt s názvem “MVVD_cv1”.

3.3 Pracovní postup a jeho opakovatelnost

K systematické práci a analýze zejména v exaktních vědách patří dodržování jistých pracovních zásad, které umožňují jednak objektivní kontrolu výsledků a jednak jejich opětovného získání. Níže je uvedeno pár zásad, jejichž dodržování vede k celkové duševní pohodě a rovnováze jak vaší vlastní, tak kolegů.

  • Při psaní kódu se řiďte unifikovaným schématem jmenných konvencí, odsazování a vkládání mezer, a komentování. Jedno takové má například Hadley Wickham, či Google.
  • Každé cvičení začněte ideálně tvorbou nového projektu v oddělené složce, nebo alespoň nového skriptu.
  • Při zavírání RStudio neukládejte pracovní prostředí do souboru “*.RData”. Uloží se do něj vše co máte právě v Environment, což nemusí nutně pocházet z pracovního postupu uchovaného ve skriptech (byť při dodržování jiných zásad z tohoto sezamu by tomu tak být nemělo).
  • R bohužel umožnuje připínat a odepínat data.frame pomocí funkcí attach() a detach(), na které je vhodné ihned po přečtení této věty zapomenout.
Kód 
?ls
rm(list = ls())
?objects
Kód 
l <- list(A = 1:3, B = 3:5)
attach(l)
A
[1] 1 2 3

  • dtto funkce fix(), která umožňuje manipulovat s daty formou GUI tabulkového procesoru.

  • Naučte se používat :: značící jmenný prostor, ze kterého funkce pochází. Například filter() je funkce definována ve více jmenných prostorech často používaných balíčků.

  • Oddělujte vzájemně surová data, zpracovaná data, skripty analýz a výstupy. Souborová struktura projektu může vypadat například takto:

    ~/mzp_analyza/
 ├── data/
 |   ├── raw_data/ 
 |   └── zpracovana_data/ 
 ├── skripty/
 |   └── 01_load.R
 ├── vystupy/
 |  └── 01_liniovy_graf_m_denni_vody.pdf
 └── mzp_analyza.RProj